Ну я не гуру в них, не щупал каждый же. Функционал примерно одинаковый у всех. Мне лично нравились wackoWiki, docuWiki ну и стандартная MediaWiki.
Для документации/баз думаю прекрасно подойдет docuWiki, она под это заточена. WackoWiki под всё что угодно заточена, я её использую как координационный центр+форум сразу, там комментарии везде можно делать и т.п. Ну МедиаВики сами везде видели и знаете.
Прежде чем выбрать, предлагаю пощупать все же хотя бы эти три:
http://www.dokuwiki.org/dokuwiki
http://wackowiki.com/
http://www.mediawiki.org/wiki/MediaWiki
PS: А вы сами-то в них разбираетесь? Сможете структуры сделать, кросс-ссылки и прочее? А то я лично никогда себе целью сделать красивую Вики не ставил, поэтому на вас полагаюсь.